Здравствуйте! Я гражданка Украины, нахожусь в Кыргызстане официально по визе FF на основе регистрации мужа. Летом просрочила сроки пребывания 90 дней буквально на пару недель, оплатила штраф, оформила для себя выездную визу, однако моего ребенка(тогда было 1 год возраст) не выпустили с территории Кыргызстана потому что у него не было отдельной выездной визы. Потом оформила выездную визу для неё, но не выехала по ней, потому что вступил в силу закон 90/180 для граждан Украины и находиться отдельно от мужа полгода не имели возможности. Какие меры будут применяться в случае выезда из территории Кыргызстана в дальнейшем? Будет ли возможность после выезда и повторной оплаты штрафа заехать в короткие сроки по визе FF или нужно будет компенсировать все просроченное время за пределами КР? 

Очень у Вас запутано все. Не понятны ни сроки, ни просрочка. Поэтому могу привести только цитату из кодекса.

Кодекс о правонарушениях КР, статья 431 (Нарушение иностранными гражданами установленного порядка пребывания, правил осуществления трудовой деятельности в Кыргызской Республике или транзитного проезда)

1. Нарушение порядка пребывания, проживания или осуществления трудовой деятельности в Кыргызской Республике иностранными гражданами, выразившееся в отсутствии документов, подтверждающих право на пребывание в Кыргызской Республике (виза, регистрация, вид на жительство, свидетельство о регистрации ходатайства о признании беженцем, удостоверение беженца, разрешение на осуществление трудовой деятельности, в случаях, предусмотренных законодательством в сфере внешней миграции), либо в использовании таких документов с истекшими сроками действия, либо в уклонении от выезда из Кыргызской Республики по истечении срока законного пребывания, в пребывании на территории республики с целью, не соответствующей заявленной при въезде, несоблюдении правил транзитного проезда через территорию Кыргызской Республики -

влечет наложение штрафа на физических лиц в размере 55 расчетных показателей.

2. Неисполнение предписания уполномоченного органа об устранении правонарушения в сфере внешней миграции в течение 30 дней с момента его вручения, за исключением случаев, предусмотренных законодательством, -

влечет выдворение иностранных граждан за пределы Кыргызской Республики.

Думаю, что в этой статье все предельно четко оговорено. Дела о такого рода правонарушениях уполномочены рассматривать органы внутренних дел. Дела о выдворении может рассматривать только суд, на основании протоколов, составленных органами внутренних дел. Поэтому советую Вам обратиться в ОВД за компетентным разъяснением.